Men in Black 3 ท่ามกลางสถานการณ์ที่ชีวิตของเจ้าหน้าที่ K และชะตากรรมของโลกถูกคุกคาม เจ้าหน้าที่ J จำเป็นต้องเดินทางกลับสู่อดีตเพื่อหาวิธีหยุดยั้งเหตุการณ์ไม่ให้เกิดขึ้น ในการเดินทางกลับไปครั้งนี้ J ได้ค้นพบความลับที่ K ไม่เคยบอกเล่าให้เขาฟัง ความลับที่น่าตกใจนี้จะค่อย ๆ ถูกเปิดเผยเมื่อ J ได้ร่วมมือกับเจ้าหน้าที่ K ในช่วงวัยหนุ่ม ผ่านการผจญภัยที่เต็มไปด้วยอุปสรรค เพื่อช่วยเหลือเพื่อนร่วมงาน ปกป้ององค์กรชุดดำ และรักษาอนาคตของมนุษยชาติทั้งหมด