Batman vs Teenage Mutant Ninja Turtles แบทแมน, แบตเกิร์ล และโรบิน ได้ร่วมมือกับเต่านินจาวัยรุ่นเพื่อเผชิญหน้ากับศัตรูเก่าของเต่า เชร็ดเดอร์ ผู้ที่ได้จับมือกับราส์ อัล กูล และกลุ่มนักฆ่าแห่งความลับ เมื่ออาชญากรในก็อตแธมถูกโจมตีโดยเต่าขนาดยักษ์ที่ลึกลับ แบทแมนและพรรคพวกของเขา แบตเกิร์ลและโรบิน ได้ออกค้นหาสิ่งมีชีวิตเหล่านั้นและหยุดยั้งพวกมัน พวกเขาได้พบว่าก็อตแธมมีผู้มาเยือนใหม่ ในขณะเดียวกัน เชร็ดเดอร์ ราส์ อัล กูล และกลุ่มนักฆ่าแห่งความลับได้ปล่อยตัวอาชญากรที่อันตรายที่สุดของก็อตแธมจากเรือนจำ ได้แก่ นายฟรีซ เบน สแกร์โครว์ ทูเฟซ พอยซันไอวี และโจ๊กเกอร์ แบทแมนและเต่านินจาวัยรุ่นจะสามารถปรับความแตกต่างของพวกเขาได้ก่อนที่จะสายเกินไปหรือไม่? หนึ่งในเรื่องราว...
