X-Men การต่อสู้ครั้งใหม่ระหว่างผู้ที่มีการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมทั้งฝ่ายดีและฝ่ายร้ายได้เริ่มต้นขึ้น เมื่อประธานาธิบดีสหรัฐถูกลอบสังหารในทำเนียบขาว Magneto สามารถหลบหนีได้ แต่ครั้งนี้พวกเขาต้องร่วมมือกันเพื่อเผชิญหน้ากับศัตรูที่แข็งแกร่งและอันตรายยิ่งกว่าเดิม นั่นคือ นายพลวิลเลียม สไตรเกอร์ ผู้ที่ตั้งเป้าหมายที่จะกำจัดผู้กลายพันธุ์ทั้งหมดบนโลกนี้ให้สิ้นซาก พร้อมกับยูริโกะ ผู้ที่มีพลังกลายพันธุ์และเป็นคู่ต่อสู้ที่ไม่เคยหวั่นเกรงต่อวูล์ฟเวอรีน การต่อสู้ครั้งนี้ไม่เพียงแต่เป็นการต่อสู้เพื่อความอยู่รอดของพวกเขา แต่ยังเป็นการต่อสู้เพื่ออนาคตของโลกทั้งใบ