G.I. Joe: Retaliation เรื่องราวของภาพยนตร์เริ่มต้นขึ้นเมื่อผู้นำของสหรัฐอเมริกาตกเป็นเป้าหมายขององค์กรโคบร้า ศัตรูคู่แค้นของหน่วยเฉพาะกิจ G.I. Joe และถูกบังคับให้สั่งการกำจัด G.I. Joe ทีมหน่วยเฉพาะกิจถูกล่อให้ติดกับดักและเกือบจะถูกทำลายจนสิ้นซาก ผู้ที่รอดชีวิตจากทีมต้องหันไปขอความช่วยเหลือจากพลเอกโจ โคลตัน ผู้นำเก่าของ G.I. Joe เพื่อร่วมกันสืบสวนหาความจริงเบื้องหลังเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นและหาทางกู้ชาติสหรัฐอเมริกาจากวิกฤตการณ์ครั้งนี้