Penguins of Madagascar สกิปเปอร์, โควัลสกี้, ริโก และไพรเวท คือเพนกวินสายลับที่ถูกฝึกฝนมาอย่างดี พวกเขาร่วมมือกับทีมสายลับ "สายลมเหนือ" ที่มีฝีมือเชี่ยวชาญ เพื่อต่อสู้กับอัจฉริยะผู้กระหายอำนาจอย่าง "บอสปลาหมึกทะเล" ที่วางแผนจะครองโลก การผจญภัยครั้งนี้เต็มไปด้วยการต่อสู้ที่เสี่ยงภัยและการเผชิญหน้ากับสถานการณ์ที่ซับซ้อน เพนกวินทั้งสี่ต้องใช้ทักษะและความเฉลียวฉลาดของพวกเขาเพื่อหยุดยั้งแผนการชั่วร้ายของบอสปลาหมึกทะเลให้สำเร็จ