Dr. STONE 5 ปีแห่งการรอคอยเพื่อบอกรักยูซุริฮะ ในที่สุดทาจูก็ตัดสินใจทำ แต่ทันใดนั้น โลกกลับถูกแสงสีฟ้าปกคลุมและมนุษย์ทุกคนกลายเป็นหิน หลายพันปีผ่านไป ทาจูตื่นขึ้นมาในโลกที่ทันสมัยไม่มีอยู่อีกต่อไป เหลือเพียงเซ็นคู เพื่อนรักวิทยาศาสตร์ ที่ตื่นขึ้นมาก่อนหน้านี้ เซ็นคูมีแผนฟื้นฟูมนุษยชาติด้วยวิทยาศาสตร์ ความแข็งแกร่งของทาจูและสมองของเซ็นคูให้ความหวังในการสร้างอารยธรรมใหม่ แต่ความตั้งใจของเซ็นคูถูกท้าทายโดยผู้ที่ตื่นขึ้นมา ความลึกลับของการกลายเป็นหินยังคงไม่มีคำตอบ
