Under Ninja ในความมืดครึ้มของประเทศญี่ปุ่น การบังคับสงครามที่ปกป้องความลับยังคงดำเนินการอย่างต่อเนื่อง นินจาจำนวนมากกว่า 200,000 คนที่เป็นสมาชิกของ NIN (National Intelligence of NINJA) มีภารกิจที่อันตรายถึงชีวิต แต่ต้องเผชิญหน้ากับศัตรูใหม่ที่ชื่อ UNDER NINJA หรือ UN ซึ่งปรากฏอยู่ทุกที่ หนึ่งในสมาชิกของ UN คือ คุโร นักเรียนมัธยมปลายที่ถูกส่งไปที่หน้างาน ชะตากรรมของเขาจะเป็นอย่างไรและฝ่ายใดจะเป็นผู้ชนะ?